研究队伍
当前位置:首页 > 研究队伍 > 严 军
严 军    博士,研究员
严军,1976年12月生,博士,研究员。现任中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所研究员。1998年毕业于上海复旦大学物理系,2003年于美国纽约大学获物理学博士学位。2003-2006年在美国阿拉斯加大学费尔半克斯分校从事博士后研究工作。2006年9月起任中国科学院上海生命科学研究院计算生物所研究员,研究组组长。2009年3月起任德国马普学会青年科学家小组组长。2015年9月起任中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所研究员,研究组组长。
主要研究方向及内容

1. 大型神经网络分析
神经科学的核心问题是理解动物行为的神经机理,在系统水平上研究神经网络是回答该问题的有效方法。随着脑联结图谱工作的展开,多尺度脑网络结构和活动的海量数据不断涌现,亟需新的计算方法进行分析和更深入的理论研究。目前在包括斑马鱼在内的物种中,已可以通过大规模钙成像的实验手段得到全脑尺度、单神经元分辨率的神经元活动数据。本实验室着重开发适用于全脑网络计算分析方法,对脑功能联结图谱进行重构,对其网络结构进行拓扑分析,结合脑网络结构与神经活动数据,在系统水平上探索神经网络的设计原理。本实验室在该研究方向上的长期目标是揭示脑网络结构与功能的关系,发展脑内部复杂而高效的信息处理模式的理论,启发人工智能领域的研究。

2. 基因调控网络分析
生物节律是生物界中普遍存在的极为重要的生理学过程,是生物体表现出的最基本的行为之一。生物节律通过一系列核心节律基因构成的负反馈回路产生生物体内的二十四小时的周期,并通过基因调控网络协调生理和行为与光照周期的同步。生物节律对调节睡眠、新陈代谢、细胞周期等众多的重要生物过程起着核心作用。本实验室采用系统生物学的方法,针对小鼠、斑马鱼等模式生物开展生物节律基因调控网络的研究。本实验室通过节律基因表达数据和启动子分析,构建生物节律调控网络,分析发现新的网络模块和重要成员。本实验室在该研究方向上的长期目标是揭示生物节律是如何在神经系统中行使功能并影响周边组织,同时建立生物节律与神经退行性疾病之间的联系。

代表性论文

Li, Y., Li, G., Görling, B., Luy, B., Du, J., and Yan, J*. (2015) Integrative Analysis of Circadian Transcriptome and Metabolic Network Reveals the Role of de novo Purine Synthesis in Circadian Control of Cell Cycle. PLoS computational biology. 11(2): e1004086.

Liu, J., Wang, X., Li, J., Wang, H., Wei, G., Yan, J*. (2014) Reconstruction of the Gene Regulatory Network Involved in the Sonic Hedgehog Pathway with a Potential Role in Early Development of the Mouse Brain. PLoS computational biology. 10(10):e1003884.

Liu, Y., Hu, W., Murakawa, Y., Yin, J., Wang, G., Landthaler, M., and Yan, J*.(2013). Cold-induced RNA-binding proteins regulate circadian gene expression by controlling alternative polyadenylation. Scientific reports 3, 2054.

Li, Y., Li, G., Wang, H., Du, J., and Yan, J*. (2013). Analysis of a gene regulatory cascade mediating circadian rhythm in zebrafish.PLoS computational biology 9, e1002940.

Wang, H., Liu, Y., Briesemann, M., and Yan, J*.(2010).Computational Analysis of Gene Regulations in Animal Sleep Deprivation.Physiol Genomics 42, 427-436.

Shao, C., Liu, Y., Ruan, H., Li, Y., Wang, H., Kohl, F., Goropashnaya, A.V., Fedorov, V.B., Zeng, R., Barnes, B.M., Yan, J*.(2010).Shotgun proteomics analysis of hibernating arctic ground squirrels.Mol Cell Proteomics 9, 313-326.

Yan, J*., Wang, H., Liu, Y., and Shao, C. (2008). Analysis of gene regulatory networks in the mammalian circadian rhythm.PLoS computational biology 4, e1000193.

实验室网址:http://www.ion.ac.cn/chinese/laboratories/int.asp?id=101
E-mail: junyan@ion.ac.cn
电话:021-54920474